Quy trình khai báo hải quan chi tiết

Quy trình khai báo hải quan đóng vai trò then chốt trong hoạt động xuất nhập khẩu, quyết định trực tiếp đến tiến độ thông quan và chi phí của doanh nghiệp. Bài viết dưới đây sẽ cung cấp cái nhìn chi tiết và đầy đủ nhất về thủ tục quan trọng này, đồng hành cùng ACC HCM giúp bạn vận hành hồ sơ hải quan một cách hiệu quả.

Mục lục

1. Quy trình khai báo hải quan chi tiết

Theo quy định tại Luật Hải quan 2014, sửa đổi 2025, người khai hải quan có trách nhiệm khai đầy đủ, chính xác, trung thực các nội dung trên tờ khai và chịu trách nhiệm trước pháp luật về nội dung đã khai. Quy trình này được thực hiện chủ yếu thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của Tổng cục Hải quan, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp trong việc giảm thiểu thời gian và chi phí.

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ hải quan

Hồ sơ hải quan là tập hợp các chứng từ cần thiết theo quy định Luật Hải quan 2014, sửa đổi 2025 và hướng dẫn chi tiết tại Nghị định 167/2025/NĐ-CP sửa đổi Nghị định 08/2015/NĐ-CP. Tùy theo loại hình xuất nhập khẩu, bộ hồ sơ cơ bản bao gồm: tờ khai hải quan (theo mẫu), hóa đơn thương mại (Commercial Invoice), vận đơn (Bill of Lading) đối với hàng nhập khẩu, chứng từ chứng nhận xuất xứ (C/O) nếu có, giấy phép xuất khẩu/nhập khẩu đối với hàng hóa thuộc diện quản lý chuyên ngành, và các chứng từ khác theo yêu cầu.

Bước 2: Khai tờ khai hải quan điện tử

Người khai hải quan tiến hành khai và gửi tờ khai qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử theo quy định tại Thông tư 39/2018/TT-BTC sửa đổi Thông tư 38/2015/TT-BTC. Doanh nghiệp cần đăng ký tài khoản và sử dụng chữ ký số để thực hiện giao dịch điện tử với cơ quan hải quan. Trên tờ khai, người khai phải kê khai đầy đủ các tiêu chí như: thông tin về người xuất khẩu/nhập khẩu, điều kiện giao hàng (Incoterms), mã số hàng hóa theo Biểu thuế, xuất xứ, trị giá hải quan, thuế suất và các khoản thuế phải nộp.

Bước 3: Tiếp nhận và kiểm tra hồ sơ

Sau khi nhận được tờ khai điện tử, Hệ thống sẽ tự động kiểm tra tính hợp lệ và phân luồng hàng hóa (Luồng Xanh, Luồng Vàng, Luồng Đỏ). Đối với luồng Xanh, hàng hóa được thông quan ngay mà không cần kiểm tra chi tiết hồ sơ. Đối với luồng Vàng, cơ quan hải quan kiểm tra chi tiết hồ sơ giấy; còn đối với luồng Đỏ, hàng hóa phải được kiểm tra thực tế.

Bước 4: Nộp thuế và thực hiện nghĩa vụ tài chính

Sau khi tờ khai được chấp nhận đăng ký, người khai hải quan phải thực hiện nghĩa vụ nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế GTGT và các loại thuế khác (nếu có) theo quy định. Việc nộp thuế có thể thực hiện bằng phương thức điện tử qua ngân hàng hoặc trực tiếp tại Kho bạc Nhà nước.

Bước 5: Thông quan hàng hóa

Khi hoàn thành các nghĩa vụ về thuế và hồ sơ đã được kiểm tra đạt yêu cầu, cơ quan hải quan sẽ thực hiện thông quan hàng hóa. Hệ thống sẽ ghi nhận tờ khai đã hoàn thành thủ tục hải quan và doanh nghiệp có thể đưa hàng hóa ra khỏi cửa khẩu hoặc đưa vào sản xuất, kinh doanh. Đối với hàng hóa thuộc diện kiểm tra chuyên ngành, doanh nghiệp cần hoàn thành các thủ tục kiểm tra chất lượng, kiểm dịch trước khi được thông quan.

2. Hồ sơ cần chuẩn bị khi thực hiện quy trình khai báo hải quan

Theo quy định Luật Hải quan 2014, sửa đổi 2025 và hướng dẫn tại Thông tư 39/2018/TT-BTC sửa đổi Thông tư 38/2015/TT-BTC, tùy thuộc vào từng loại hình xuất nhập khẩu, bộ hồ sơ hải quan cơ bản bao gồm các chứng từ sau:

Tờ khai hải quan: Đây là chứng từ quan trọng nhất, được khai theo mẫu quy định và gửi qua hệ thống điện tử.
Hóa đơn thương mại: Phản ánh giá trị giao dịch giữa người mua và người bán.
Vận đơn: Chứng từ vận tải (đường biển, hàng không, đường bộ…) chứng minh hàng hóa đã được vận chuyển.
Chứng từ chứng nhận xuất xứ (C/O): Cần thiết để hưởng ưu đãi thuế quan theo các Hiệp định thương mại tự do.
Giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu: Áp dụng cho hàng hóa thuộc diện quản lý chuyên ngành.
Các chứng từ khác: Phiếu đóng gói (Packing List), hợp đồng thương mại (nếu có), giấy đăng ký kiểm tra chuyên ngành…

Xem thêm: Thủ tục hải quan hàng tạm nhập tái xuất chi tiết

3. Các lưu ý quan trọng khi thực hiện quy trình khai báo hải quan

Trong quá trình thực hiện quy trình khai báo hải quan, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý đến các vấn đề sau để đảm bảo tuân thủ pháp luật và tránh các rủi ro không đáng có. Thứ nhất, việc xác định chính xác mã số hàng hóa (HS Code) là vô cùng quan trọng, vì nó quyết định mức thuế suất và các chính sách quản lý hàng hóa.

Thứ hai, việc xác định trị giá hải quan phải tuân thủ đúng các nguyên tắc quy định tại Thông tư 39/2018/TT-BTC, đảm bảo tính minh bạch và chính xác. Thứ ba, doanh nghiệp cần thường xuyên cập nhật các văn bản pháp luật mới nhất về hải quan để điều chỉnh hoạt động cho phù hợp.

Cuối cùng, việc lưu trữ hồ sơ, chứng từ liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu là bắt buộc để phục vụ công tác kiểm tra, thanh tra sau thông quan của cơ quan hải quan.

Xem thêm: Hướng dẫn quy trình làm thủ tục hải quan nhập khẩu

4. Vai trò của đại lý làm thủ tục hải quan trong quy trình khai báo hải quan

Theo quy định tại Luật Hải quan 2014, sửa đổi 2025, đại lý làm thủ tục hải quan là người được người khai hải quan ủy quyền thực hiện các thủ tục hải quan. Đại lý có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ, khai báo thay, nộp thuế thay và theo dõi quá trình thông quan hàng hóa.

Việc sử dụng đại lý chuyên nghiệp giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, giảm thiểu rủi ro sai sót và tối ưu hóa chi phí logistics. Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của thông tin khai báo.

5. Câu hỏi thường gặp

Thời gian tối đa để cơ quan hải quan hoàn thành việc kiểm tra và thông quan hàng hóa là bao lâu?

Đối với luồng Xanh, hàng hóa được thông quan ngay sau khi hệ thống xử lý. Đối với luồng Vàng, thời gian kiểm tra hồ sơ tối đa là 2 giờ làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ. Đối với luồng Đỏ, thời gian kiểm tra thực tế hàng hóa tối đa là 8 giờ làm việc đối với lô hàng kiểm tra toàn bộ và 2 giờ làm việc đối với lô hàng kiểm tra tỷ lệ.

Nếu phát hiện sai sót sau khi tờ khai đã được thông quan thì xử lý như thế nào?

Trong trường hợp phát hiện sai sót sau khi tờ khai đã được thông quan, người khai hải quan phải khai bổ sung theo quy định tại Thông tư 39/2018/TT-BTC sửa đổi Thông tư 38/2015/TT-BTC.

Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có bắt buộc phải làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu nơi hàng hóa được vận chuyển không?

Theo quy định tại Luật Hải quan 2014, sửa đổi 2025, người khai hải quan có thể lựa chọn làm thủ tục hải quan tại trụ sở cơ quan hải quan nơi doanh nghiệp có trụ sở chính hoặc nơi đặt nhà máy, cơ sở sản xuất, kinh doanh.

Quy trình khai báo hải quan là một thủ tục pháp lý bắt buộc và phức tạp, đòi hỏi sự hiểu biết sâu sắc về các quy định của pháp luật. Việc thực hiện đúng và đầy đủ các bước không chỉ giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, chi phí mà còn xây dựng uy tín trong mắt cơ quan quản lý. Nếu bạn cần hỗ trợ chi tiết hơn về thủ tục này, hãy liên hệ ACC HCM để được tư vấn và đồng hành giải quyết mọi vướng mắc một cách nhanh chóng và hiệu quả nhất.