Chi phí làm thủ tục hải quan mới nhất

Chi phí làm thủ tục hải quan là một trong những mối quan tâm hàng đầu của doanh nghiệp xuất nhập khẩu khi tối ưu hóa hoạt động logistics và dòng tiền. Trong bối cảnh các quy định pháp luật liên tục được cập nhật, việc tìm hiểu thông tin chính xác và mới nhất là vô cùng quan trọng. Bài viết dưới đây sẽ cung cấp cái nhìn toàn diện và chi tiết về vấn đề này, đồng hành cùng ACC HCM để bạn đọc có được những thông tin hữu ích nhất.

Mục lục

1. Chi phí làm thủ tục hải quan mới nhất

Theo quy định tại Luật Hải quan 2014, sửa đổi 2025 và Luật Phí và lệ phí 2015, chi phí làm thủ tục hải quan không phải là một khoản phí cố định duy nhất mà là tổng hợp của nhiều loại phí, lệ phí và chi phí dịch vụ khác nhau.

Về bản chất, khi thực hiện thủ tục hải quan cho hàng hóa xuất nhập khẩu, doanh nghiệp sẽ phải đối mặt với hai nhóm chi phí chính: nhóm chi phí bắt buộc nộp cho cơ quan nhà nước và nhóm chi phí dịch vụ do các đơn vị cung cấp dịch vụ tính.

Đối với nhóm chi phí nộp cho ngân sách nhà nước, hiện nay theo quy định tại Thông tư 86/2025/TT-BTC, mức thu phí, lệ phí trong lĩnh vực hải quan đã được điều chỉnh và công khai minh bạch. Cụ thể, lệ phí hải quan thường được áp dụng cho các hoạt động như cấp chứng từ, xác nhận hồ sơ, hoặc các thủ tục hành chính khác.

Trên thực tế, chi phí làm thủ tục hải quan mà doanh nghiệp phải trả cho các đơn vị dịch vụ (như công ty logistics, đại lý hải quan) thường dao động dựa trên nhiều yếu tố như loại hình hàng hóa, số lượng container, tính chất phức tạp của bộ hồ sơ và cảng biển/sân bay thực hiện.

2. Các loại phí và lệ phí cụ thể trong quy trình hải quan

2.1. Lệ phí và phí nhà nước theo quy định

Theo quy định tại Thông tư 86/2025/TT-BTC, các khoản phí, lệ phí trong lĩnh vực hải quan bao gồm các loại chính sau:

Lệ phí hải quan: Được áp dụng khi doanh nghiệp yêu cầu cơ quan hải quan thực hiện các công việc như cấp giấy phép, xác nhận bảng kê hàng hóa, hoặc gia hạn thời gian lưu kho ngoại quan.
Phí kiểm tra, giám sát hải quan: Áp dụng đối với hàng hóa xuất nhập khẩu phải thực hiện kiểm tra thực tế hoặc giám sát tại địa điểm làm thủ tục hải quan.
Phí lưu kho, lưu bãi: Khoản phí này do doanh nghiệp kinh doanh kho bãi, cảng thu theo thỏa thuận hợp đồng, không thuộc phạm vi điều chỉnh của Thông tư 86/2025/TT-BTC nhưng là một phần không thể thiếu trong tổng chi phí làm thủ tục hải quan.

2.2. Chi phí dịch vụ từ các đơn vị cung cấp

Ngoài các khoản phí nhà nước, doanh nghiệp thường phải chi trả cho các dịch vụ hỗ trợ từ bên ngoài. Các chi phí này bao gồm:

Phí thuê đại lý làm thủ tục hải quan: Đây là khoản chi phí lớn nhất trong tổng chi phí làm thủ tục hải quan. Mức phí này thường dao động từ vài trăm nghìn đến vài triệu đồng cho mỗi bộ hồ sơ, tùy thuộc vào độ phức tạp và loại hình hàng hóa.
Phí vận chuyển nội địa: Chi phí vận chuyển hàng từ cảng về kho hoặc ngược lại, thường được tính riêng hoặc gộp chung vào hợp đồng dịch vụ trọn gói.
Phí hạ container, nâng container, chuyển container: Các khoản phí này do cảng hoặc ICD thu, thường được đại lý hải quan thu hộ và thanh toán trực tiếp cho cảng.

Xem thêm: Thời hạn làm thủ tục hải quan là bao lâu? Mới

3. Quy trình thực hiện thủ tục hải quan và các chi phí liên quan

Dưới đây là quy trình cơ bản mà hầu hết các lô hàng xuất nhập khẩu phải trải qua, cùng với các chi phí phát sinh tương ứng tại mỗi bước.

Bước 1: Chuẩn bị bộ hồ sơ hải quan

Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ các chứng từ theo quy định tại Điều 16 Luật Hải quan 2014, sửa đổi 2025, bao gồm tờ khai hải quan, hợp đồng thương mại, hóa đơn thương mại, vận đơn, chứng từ chứng nhận xuất xứ (nếu có) và các giấy phép liên quan khác. Chi phí phát sinh trong bước này chủ yếu là chi phí in ấn, sao chụp tài liệu và thời gian nhân sự. Nếu thuê đại lý, doanh nghiệp sẽ phải trả phí dịch vụ khai báo hồ sơ, thường được tính ngay từ bước này.

Bước 2: Khai tờ khai hải quan điện tử và đăng ký tờ khai

Doanh nghiệp hoặc đại lý hải quan tiến hành khai tờ khai trên hệ thống VNACCS/VCIS. Sau khi khai xong, hệ thống sẽ phân luồng hàng hóa (luồng xanh, vàng, đỏ). Chi phí làm thủ tục hải quan ở bước này thường không phát sinh thêm nếu doanh nghiệp tự khai, nhưng nếu sử dụng dịch vụ của đại lý, phí khai báo điện tử sẽ được tính trong gói dịch vụ.

Bước 3: Nộp thuế và các khoản phí theo thông báo

Sau khi tờ khai được chấp nhận, doanh nghiệp phải thực hiện nghĩa vụ tài chính với nhà nước. Các khoản phải nộp bao gồm thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế GTGT, thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có) và các loại phí, lệ phí khác theo quy định tại Thông tư 86/2025/TT-BTC.

Bước 4: Kiểm tra thực tế hàng hóa (nếu có)

Nếu tờ khai bị phân luồng đỏ hoặc luồng vàng, cơ quan hải quan sẽ tiến hành kiểm tra thực tế hàng hóa. Trong trường hợp này, doanh nghiệp phải chi trả các khoản phí như phí kiểm tra, phí lưu kho, lưu bãi, phí hạ container, phí mở container để phục vụ công tác kiểm tra.

Bước 5: Thông quan và nhận hàng

Sau khi hoàn tất các nghĩa vụ tài chính và kiểm tra (nếu có), hàng hóa được thông quan. Doanh nghiệp tiến hành nhận hàng tại cảng, chi trả các chi phí phát sinh cuối cùng như phí vệ sinh container, phí chuyển container ra khỏi cảng, phí vận chuyển nội địa về kho. Tổng kết lại, chi phí làm thủ tục hải quan cho một lô hàng thông thường sẽ bao gồm toàn bộ các khoản phí phát sinh từ bước 1 đến bước 5 này.

Xem thêm: Giấy ủy quyền làm thủ tục hải quan và cách viết

4. Các yếu tố ảnh hưởng đến tổng chi phí làm thủ tục hải quan

Loại hình hàng hóa: Hàng hóa thông thường sẽ có chi phí thấp hơn so với hàng hóa cần kiểm tra chuyên ngành (kiểm tra chất lượng, kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm, kiểm tra y tế…).
Phương thức vận chuyển: Hàng hóa vận chuyển bằng đường biển thường có chi phí làm thủ tục hải quan thấp hơn so với đường hàng không do giá trị lô hàng và tính chất logistics khác nhau. Tuy nhiên, chi phí lưu kho, lưu bãi tại cảng biển có thể cao hơn nếu thời gian thông quan kéo dài.
Số lượng và quy mô lô hàng: Các lô hàng lớn, nhiều container thường được các đại lý hải quan áp dụng mức phí ưu đãi hơn so với các lô hàng lẻ (LCL).
Địa điểm làm thủ tục: Mỗi cảng biển, sân bay hoặc cửa khẩu có thể có các mức phí khác nhau cho các dịch vụ liên quan như phí hạ container, phí lưu kho, phí bốc xếp.
Mức độ phức tạp của bộ hồ sơ: Hồ sơ rõ ràng, đầy đủ, không vi phạm sẽ giúp quá trình thông quan nhanh chóng, giảm thiểu chi phí phát sinh. Ngược lại, hồ sơ sai sót, thiếu chứng từ sẽ dẫn đến việc phải sửa đổi, bổ sung, kéo dài thời gian và tăng chi phí làm thủ tục hải quan.

5. Câu hỏi thường gặp

Chi phí làm thủ tục hải quan có bao gồm thuế nhập khẩu không?

Không. Chi phí làm thủ tục hải quan là các khoản phí, lệ phí và chi phí dịch vụ liên quan đến việc thực hiện các thủ tục hành chính để hàng hóa được thông quan. Thuế nhập khẩu là khoản thuế phải nộp cho ngân sách nhà nước, được tính toán dựa trên trị giá hàng hóa và thuế suất tương ứng, hoàn toàn tách biệt với chi phí làm thủ tục.

Doanh nghiệp có thể tự làm thủ tục hải quan để tiết kiệm chi phí không?

Hoàn toàn có thể. Theo quy định của Luật Hải quan 2014, sửa đổi 2025, doanh nghiệp có quyền tự khai báo và làm thủ tục hải quan cho hàng hóa của mình nếu đáp ứng đủ điều kiện về nhân sự và hạ tầng công nghệ thông tin.

Các khoản phí nào được quy định cụ thể tại Thông tư 86/2025/TT-BTC?

Các khoản phí, lệ phí được quy định tại thông tư này bao gồm: lệ phí hải quan (cấp giấy phép, xác nhận hồ sơ), phí kiểm tra, giám sát hải quan, phí niêm phong hải quan, phí chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) và một số khoản phí khác.

Chi phí làm thủ tục hải quan là một khoản mục chi phí không thể tránh khỏi trong hoạt động xuất nhập khẩu, đòi hỏi doanh nghiệp phải có sự hiểu biết sâu sắc và quản lý chặt chẽ. Nếu bạn cần hỗ trợ chi tiết hơn về các vấn đề pháp lý liên quan đến hải quan, đừng ngần ngại liên hệ ACC HCM để được đội ngũ chuyên gia giàu kinh nghiệm của chúng tôi tư vấn và đồng hành, đảm bảo mọi hoạt động của bạn luôn tuân thủ đúng quy định của pháp luật.