Thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất mới

Thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất là một trong những khâu then chốt, quyết định trực tiếp đến hiệu quả hoạt động sản xuất, kinh doanh và lợi thế cạnh tranh của doanh nghiệp. Bài viết dưới đây sẽ cung cấp một cái nhìn tổng quan và chi tiết về quy trình, hồ sơ và những lưu ý quan trọng, đồng hành cùng ACC HCM để bạn đọc có sự chuẩn bị tốt nhất.

Mục lục

1. Thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất mới

Theo quy định tại Luật Hải quan 2014, sửa đổi 2025, DNCX có mối quan hệ đặc biệt với cơ quan hải quan, được hưởng các ưu đãi về thuế và thực hiện các thủ tục hải quan theo nguyên tắc riêng. Đối với doanh nghiệp mới thành lập, việc tìm hiểu và thực hiện đúng các quy định về thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất là vô cùng quan trọng để đảm bảo hoạt động xuất nhập khẩu diễn ra thông suốt, đúng pháp luật và tận dụng được tối đa các ưu đãi.

Quy trình thực hiện thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất được thực hiện theo các bước cơ bản sau đây.

Bước 1: Đăng ký danh mục hàng hóa với cơ quan hải quan

Doanh nghiệp chế xuất mới cần tiến hành đăng ký danh mục máy móc, thiết bị, nguyên liệu, vật tư, hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định hoặc dùng cho sản xuất với Chi cục Hải quan quản lý. Hồ sơ đăng ký bao gồm: văn bản đăng ký danh mục, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, danh mục chi tiết hàng hóa dự kiến nhập khẩu. Cơ quan tiếp nhận là Chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp đặt trụ sở hoặc nơi doanh nghiệp dự kiến làm thủ tục. Thời gian xử lý thường là trong vòng 02 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ.

Bước 2: Khai báo và nộp tờ khai hải quan điện tử

Khi có nhu cầu xuất khẩu hoặc nhập khẩu hàng hóa, doanh nghiệp tiến hành khai báo tờ khai hải quan trên hệ thống VNACCS/VCIS. Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ các thông tin về hàng hóa, trị giá, xuất xứ, phương thức vận chuyển… và gửi đến cơ quan hải quan qua hệ thống. Cơ quan tiếp nhận là Chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp đăng ký làm thủ tục. Hệ thống sẽ tự động xử lý và trả kết quả phân luồng (xanh, vàng, đỏ) ngay sau khi doanh nghiệp khai báo thành công.

Bước 3: Nộp hồ sơ giấy và chịu sự kiểm tra của cơ quan hải quan (nếu có)

Tùy thuộc vào kết quả phân luồng của hệ thống, doanh nghiệp thực hiện các nghĩa vụ tiếp theo. Nếu tờ khai thuộc luồng xanh, doanh nghiệp chỉ cần in tờ khai và thực hiện thông quan. Nếu thuộc luồng vàng, doanh nghiệp phải nộp hồ sơ giấy cho cơ quan hải quan để kiểm tra. Nếu thuộc luồng đỏ, hàng hóa của doanh nghiệp sẽ bị kiểm tra thực tế. Thời gian hoàn thành thủ tục kiểm tra hồ sơ là trong vòng 02 giờ làm việc kể từ khi tiếp nhận đầy đủ hồ sơ; thời gian kiểm tra thực tế hàng hóa tối đa là 08 giờ làm việc.

Bước 4: Nộp thuế và các nghĩa vụ tài chính (nếu có)

Doanh nghiệp chế xuất được hưởng ưu đãi miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định, nguyên liệu, vật tư dùng cho sản xuất. Tuy nhiên, đối với các trường hợp không được miễn thuế hoặc hàng hóa tiêu thụ nội địa, doanh nghiệp phải thực hiện nghĩa vụ nộp thuế theo quy định.

Bước 5: Thông quan hàng hóa

Sau khi hoàn thành các nghĩa vụ về thuế và đáp ứng đầy đủ các yêu cầu kiểm tra của cơ quan hải quan, hàng hóa sẽ được thông quan. Doanh nghiệp nhận được quyết định thông quan trên hệ thống và có thể đưa hàng hóa vào sản xuất hoặc xuất khẩu.

2. Điều kiện để doanh nghiệp chế xuất được hưởng ưu đãi và thực hiện thủ tục hải quan

Các điều kiện này được quy định chi tiết tại Nghị định 35/2022/NĐ-CP và các văn bản hướng dẫn liên quan.

Điều kiện về địa điểm: Doanh nghiệp phải được thành lập và hoạt động trong khu chế xuất, khu kinh tế hoặc khu công nghiệp theo quy định của pháp luật về đầu tư và khu công nghiệp.
Điều kiện về ngành nghề: Ngành nghề sản xuất, gia công của doanh nghiệp phải thuộc danh mục ngành, nghề được phép sản xuất, gia công hàng hóa xuất khẩu trong khu chế xuất, khu kinh tế, khu công nghiệp.
Điều kiện về sản phẩm: Toàn bộ sản phẩm sản xuất, gia công của doanh nghiệp phải được xuất khẩu ra nước ngoài hoặc cung cấp cho các doanh nghiệp chế xuất khác. Việc tiêu thụ nội địa chỉ được thực hiện trong các trường hợp được pháp luật cho phép và phải tuân thủ các quy định riêng.
Điều kiện về hạch toán: Doanh nghiệp phải thực hiện hạch toán kế toán riêng cho các hoạt động sản xuất, kinh doanh của mình theo quy định của pháp luật về kế toán.
Điều kiện về giấy tờ pháp lý: Doanh nghiệp phải có Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp và các giấy tờ pháp lý khác theo quy định.

Xem thêm: Quy trình khai báo hải quan chi tiết

3. Hồ sơ cần chuẩn bị khi thực hiện thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất mới

Hồ sơ hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của DNCX bao gồm:

Tờ khai hải quan: Doanh nghiệp khai báo trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan theo đúng hướng dẫn.
Chứng từ vận tải: Vận đơn hoặc các chứng từ vận tải khác có giá trị tương đương (đối với hàng nhập khẩu).
Hóa đơn thương mại: Hóa đơn do bên bán phát hành, thể hiện đầy đủ thông tin về hàng hóa, giá trị, điều kiện giao hàng.
Chứng từ chứng nhận xuất xứ (C/O): Tùy thuộc vào yêu cầu của từng thị trường và hiệp định thương mại mà doanh nghiệp cần chuẩn bị C/O phù hợp.
Giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu (nếu có): Đối với các mặt hàng thuộc diện quản lý đặc biệt, doanh nghiệp cần có giấy phép của cơ quan quản lý chuyên ngành.
Các chứng từ khác theo quy định: Tùy thuộc vào tính chất hàng hóa và yêu cầu cụ thể của cơ quan hải quan, doanh nghiệp có thể cần bổ sung các chứng từ như: hợp đồng, phiếu đóng gói, tài liệu kỹ thuật, giấy đăng ký kiểm tra chuyên ngành…

Xem thêm: Hướng dẫn quy trình làm thủ tục hải quan nhập khẩu

4. Chi phí thực hiện thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất mới

Chi phí bao gồm nhiều khoản khác nhau, tùy thuộc vào loại hình hàng hóa, phương thức vận chuyển và các dịch vụ liên quan.

Lệ phí hải quan: Theo quy định hiện hành, lệ phí khi làm thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu là 250.000 đồng/bộ hồ sơ.
Chi phí kiểm tra chuyên ngành: Đối với các mặt hàng thuộc diện phải kiểm tra chất lượng, kiểm dịch, an toàn thực phẩm… doanh nghiệp phải trả chi phí cho các cơ quan kiểm tra chuyên ngành.
Chi phí lưu kho, bãi, vận chuyển: Chi phí này phát sinh trong quá trình chờ làm thủ tục hải quan hoặc kiểm tra hàng hóa tại cảng, kho, bãi.
Chi phí thuê dịch vụ khai hải quan: Nếu doanh nghiệp không tự thực hiện, có thể thuê các đơn vị cung cấp dịch vụ khai thuê hải quan.

5. Câu hỏi thường gặp

Doanh nghiệp chế xuất mới có bắt buộc phải thực hiện thủ tục hải quan trên hệ thống điện tử không?

Có. Theo quy định tại Luật Hải quan 2014, sửa đổi 2025 và Thông tư 39/2018/TT-BTC sửa đổi Thông tư 38/2015/TT-BTC, doanh nghiệp chế xuất bắt buộc phải thực hiện thủ tục hải quan thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan.

Hàng hóa nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất có phải chịu thuế nhập khẩu không?

Theo quy định tại Nghị định 35/2022/NĐ-CP, doanh nghiệp chế xuất được miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định, nguyên liệu, vật tư, linh kiện dùng cho sản xuất hàng hóa xuất khẩu.

Thời gian tối đa để cơ quan hải quan hoàn thành thủ tục kiểm tra hồ sơ là bao lâu?

Theo quy định tại Luật Hải quan 2014, sửa đổi 2025, thời gian hoàn thành kiểm tra hồ sơ là trong vòng 02 giờ làm việc kể từ khi cơ quan hải quan tiếp nhận đầy đủ hồ sơ. Đối với trường hợp kiểm tra thực tế hàng hóa, thời gian tối đa là 08 giờ làm việc.

6. Dịch vụ hỗ trợ thủ tục hải quan tại ACC HCM

Sử dụng dịch vụ của ACC HCM sẽ mang lại nhiều lợi ích thiết thực cho doanh nghiệp:

Tiết kiệm chi phí: ACC HCM giúp doanh nghiệp tối ưu hóa các khoản chi phí phát sinh trong quá trình làm thủ tục, tránh các khoản phạt không đáng có do sai sót, chậm trễ.
Đội ngũ chuyên gia: ACC HCM sở hữu đội ngũ chuyên gia giàu kinh nghiệm, am hiểu sâu sắc về pháp luật hải quan, luôn cập nhật các quy định mới nhất để tư vấn và xử lý hồ sơ một cách chính xác, nhanh chóng.
Tư vấn chuyên sâu: Chúng tôi cung cấp các giải pháp tư vấn chiến lược về quy trình, chính sách ưu đãi, giúp doanh nghiệp tận dụng tối đa lợi thế và giảm thiểu rủi ro pháp lý.
Hỗ trợ toàn diện: Từ khâu chuẩn bị hồ sơ, khai báo, theo dõi quá trình xử lý đến khi hàng hóa được thông quan, ACC HCM đồng hành và hỗ trợ doanh nghiệp trong suốt quá trình, đảm bảo mọi hoạt động diễn ra suôn sẻ.

Thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất là một quy trình phức tạp, đòi hỏi sự chính xác và am hiểu pháp luật cao. Nếu doanh nghiệp cần sự hỗ trợ chuyên nghiệp để đảm bảo quy trình diễn ra thuận lợi, tiết kiệm thời gian và chi phí, hãy liên hệ ACC HCM ngay hôm nay để được tư vấn và đồng hành tốt nhất.